カナダ・オンタリオ州の一価および二価のPfizer/BioNTechおよびModerna modRNA COVID-19ワクチンで検出されたDNA断片

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AIによるまとめ
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2023/10/20

DNA fragments detected in monovalent and bivalent Pfizer/BioNTech and Moderna modRNA COVID-19 vaccines from Ontario, Canada: Exploratory dose response relationship with serious adverse events

AIによるまとめ

この研究論文は、Pfizer/BioNTechとModernaのCOVID-19ワクチンに関するものです。以下に主要なポイントを一般の人にも理解しやすい形で箇条書きにしてまとめます。

ワクチン成分の測定

ワクチン内のDNA断片を2つの方法で測定：Fluorometry（蛍光測定）とqPCR（定量PCR）。
FluorometryはDNAに特異的な染料（SYBR Green）を使用し、DNAが存在すると蛍光を発生。
qPCRは特定のDNA断片（amplicon）を増幅して測定。100bp以下のDNAは測定できない。

サイズ分布

Oxford Nanopore技術を使用して、ワクチン内のDNAのサイズ分布を調査。
DNAのサイズにはばらつきがあり、一部は非常に小さい（100bp以下）。

なぜ重要か？

DNAの量と副作用（AE： Adverse Events）との間に関係性が指摘されている。
ワクチンに含まれるDNAと副作用の発生が一定の関係にある可能性が示唆されている。

技術的な問題

両方の測定方法には限界と欠点があり、そのため、同じサンプルでも異なる結果が出ることがある。
ワクチンの測定に使用される手法によって、DNAとRNAの量が過大または過小に評価される可能性がある。

議論と批評

この研究は予備的なものであり、因果関係を証明するものではない。
研究には批評も存在し、一部は技術的な側面に関するもの。

その他

著者らは、この研究が一連の議論や反論に対して科学的に応えていると主張。

（GPT-4）

本文

このトピックに関する最新のプレプリント。

TL/DR

Fluorometryを使用すると、すべてのバイアルがガイドラインを桁違いに超えています。qPCRを用いた単回投与では、すべてのバイアルがガイドラインを下回っている。何本も服用すればオーバーする。XBB1.5にはまだ問題がある。

定量を三角測量するために使用される複数のツール： Fluorometry、qPCR、Oxford Nanoporeである。

フルオロメトリーはどのように機能するのか？

SYBR Greenのようなインターカレート色素を使用する。これはDNAに特異的な色素で、dsDNAに結合し、DNAのマイナーグルーブに結合した時のみ蛍光を発する。RNAとのクロストークがあることは後で触れるが、qPCRのようなサイズ制限がないことにお気づきだろう。

Universal SYBR Green qPCRプロトコル

qPCRはどのように機能するのか？

qPCRでは100bp以上のアンプリコンを必要とするため、このサイズ以下のDNAを定量することはできない。アンプリコンには25bpのフォワードプライマー、25bpのリバースプライマー、25bpのプローブが必要なので、75bp以下のアンプリコンを得るのは難しい。我々は105bpと114bpのアンプリコンを使って、ワクチン中のオリやスパイクを測定した。

17.2.1: qPCR – Biology LibreTexts

ファイザー社では、RNAの測定と増幅にFluorometryとUV Specを使用している。qPCRでは、アンプリコンサイズ以下のDNAを測定できないため、DNAの値は減少する。

なぜそれが重要なのか？

ワクチン中のDNAのサイズ分布を見てみよう。オックスフォード・ナノポアを使えば、そのサイズを垣間見ることができる。これはどの電気泳動システムよりも優れており、存在する各分子の1分子配列情報を得ることができる。ゲル上の輝きだけでなく、サンプルを構成するすべての分子の実際の配列の同一性を得ることができるのである。

オックスフォード・ナノポア（ONT）DNA配列決定アダプターを配列決定しようとしているDNAに結紮する前に、DNAをどのように精製するかに関連して、このシステムにはいくつかの制限がある。ONTシステムは、DNAをATPで制御された速度で細孔に送り込むモータータンパク質につながれたDNA断片を必要とする。ONTシーケンシングの第一段階は、このモータータンパク質付きDNA断片を、配列決定したいDNAにリガーゼで接着することである。このライゲーションステップにより、存在するサイズ分布に偏りが生じる可能性がある。

この偏りの最大の原因は、私がよく知っている技術にある。Ampureと呼ばれるDNA精製ツールだ。私はMITでこの技術を開発し、アジェンコート・バイオサイエンスの基礎技術となった。ヒトゲノム・プロジェクトで広範囲に使用されたこの技術には、実に貴重な特徴がある。

サンプルに加える試薬の量を変えるだけで、磁性ビーズに捕捉されるフラグメントのサイズ分布をコントロールできます。サイズカットオフが定義されたカラムはもう必要ありません。オープンソースのサイズ選択技術で、ゲノミクスの様々なアプリケーションに簡単にオープンソースで適応できる。ベックマン・コールターは、この技術が軌道に乗り、今ではすべての次世代シーケンサーアプリケーションで見られるようになったので、同社を買収した。

ほとんどの人はロングリードを得るためにONTを使うので、DNAシーケンスライブラリーのDNA断片を取り除くために0.7X Ampureを使うプロトコルがデフォルトになっている。これは150bp以下の断片を切り出すものです。したがって、上記のRead Lengthヒストグラムは、このフロントエンドフィルターを考慮して作成する必要がある。この極端なカットオフを行っても、100bp以下のリードを見ることができる。これは、元の小さな物質がこれを潜り抜けるためには、非常に高濃度でなければならないことを意味する。

Dr. Phillip Buckhaultsはこれを予期して、ONTの実行前に2.5倍のAmpureを使用したが、彼の平均リード長は我々の平均214bpより低かった。

DNA否定論者は、FDAは200bp以下のDNAを懸念事項とは考えていないと指摘したがる。それは完全な真実ではない。FDAのガイダンスについては、Kilnman et alが参考になる。

また、リードの長さの分布が尖っていることがわかる。わずか865リードの中に3.5Kbのリード（下のプラスミドマップの青い線を参照）があり、リード長に長いテールがあります。これは非常に浅いシーケンス調査である。より深いシーケンシングを行えば、間違いなく7kbのリードが見つかるだろう。

次にテストしたのは、このDNAがLNPに包まれているかどうかだった。このサブスタックを追っている人なら、これはもう古いニュースだろう。

DNAを2つの異なる方法で測定したところ、対数スケールの異なる結果が観察された。おそらく、小さなDNAに対するqPCRとONTの盲点によるものと思われ、また、蛍光測定がDNAとRNAの間でクロストークを起こすことによるものと思われる。RNアーゼの実験がこの点を明らかにするために進行中である。この2つの方法には相関性があり、有害事象はこれらの量と一致している。

そしてそれこそが、「受け入れがたいジェシカ」がしたことだ。彼女はDNA量に対するAEをチャート化した。

投与回数の代理で正規化する別の方法を図表化した…ワイズマン博士がこれを思いついた。

これは探索的なものだ。VAERを否定する人たちがいつも主張していることだ。因果関係を証明するものではないが、仮説を生み出すものである。

だから、多くのデータポイントを持っているわけではない。しかし、他の人たちのデータについては知っている。バックホーツ博士のロットはDNAが高く、AEも高い。このグラフを見ると、4月に我々の研究で使用されたFL8095もDNAが高く、AEが高い。FL0007についても、DNAが高く、AEが高いというデータがある。これについては後ほど詳しく説明する。

われわれのqPCRアッセイを批判する人たちのために、少し整理しておこう。

ファクトチェッカーは、我々のPCR効率は失敗したと主張する地下住居のデバンカーに詐欺られた。94-99％の効率はMIQEガイドラインの範囲内である。デバンカーは論破し、そのためのラボ作業は彼の30分のビデオより短時間で済んだ。これはダイヤモンドハンズ・Dr. Speicher勇気ある真実によって行われた。私の手ではない。独立した検証だ。

バックホーツ博士から学んだもう一つのこと…彼は、qPCRに直接LNPをスパイクした場合、非線形反応を示すことに気づいた。これは何を意味するのか？

PCRジョックは大学生が連続パーティーを好むように連続希釈を行うのが好きである。もしPCRがNeatと1:10,1:100,1:1000,1:10Kなどの希釈の間で3.3CTのオフセットを示さなければ、PCR阻害因子があることになる。これは実際にワクチンのNeat spike insで見ることができる。

これは微妙なものだが、非常に濃縮されたワクチンの量に影響を与えるほどだ。ワクチンの中には、注射の前に希釈が必要な5倍希釈のものもあり、この希釈を忘れた薬剤師からのVAER報告が数多くある。これは我々のデータにおけるもう一つの交絡要因である。希釈が必要なロットでは、薬剤師が追加のステップを忘れる可能性があり、簡単に5倍の量を子供に投与してしまうため、有害事象が発生する傾向が高い（紫のキャップのファイザー）。

正味の結果は、高濃度のLNPでPCR阻害が起きないように、1:10希釈液を使うべきであるということだ。

なぜ我々は蛍光光度計とqPCRのことであなたを苦しめているのか？なぜなら、この技術的不一致は規制の裁定を行うためのメカニズムだからである。RNAの数を増加させる最高のツールとDNAの数を減少させる最高のツールを使えば、どんな規制でも通すことができる。彼らはそんなことはしない？

リボグリーンはRNAの蛍光測定法であり、DNAの測定にはより保守的なツール（qPCR）を使用する。これは本当は両方の核酸について同じ技術で行うべきなんだ。RNA+DNAの値を得るためには、単にRTポリメラーゼを使うだけでよい。この2つの測定があれば、両方の測定に同じ技術を使って正規化されたデータを得ることができる。規制当局はこの豆をココナッツゲームの下で見えなかった。

私たちに投げかけられたもうひとつの批判は、『棚の上の妖精』仮説である。もしこれらのワクチンが製造者の聖なる手から逃れたとしたら、エルフがEMAに開示されたプラスミドをカナダ、ヨーロッパ、日本、アメリカのバイアル瓶に入れることができる。バイアル瓶の改ざん防止シールを邪魔することなく、このようなことができるのだ。

これは5GナノボットSF素材に近い驚くべき技術だ。